Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G047400.2
Synonym Sb04g004050
Functional annotation uncharacterized protein CPn_0526/CP_0226/CPj0526/CpB0547, putative, expressed
UniProt C5XVC8
Pfam PF01380 PF00571
Panther DB PTHR11911 PTHR11911:SF62
NCBI CDD -
KEGG Orthology K06041; kdsD, arabinose-5-phosphate isomerase
Gene Ontology GO:0005975; carbohydrate metabolic process


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G54690 : Sugar isomerase (SIS) family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g06360.1 : uncharacterized protein CPn_0526/CP_0226/CPj0526/CpB0547, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a019021 , Zm00025a034861
Brachypodium KQJ93416 , PNT65922
Barley HORVU6Hr1G025280.3 , HORVU6Hr1G025280.2 , HORVU6Hr1G025280.1 , HORVU6Hr1G025280.4
Wheat TraesCS6D02G121400 , TraesCS6A02G131600 , TraesCS6B02G160000
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.004G047400


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G075200 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase, putative, expressed K01627: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase (KDO 8-P synthase)
2 Sobic.004G263000 expressed protein -
3 Sobic.004G319800 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@chaperonin, putative, expressed K04078: groES, chaperonin GroES
4 Sobic.008G066700 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
5 Sobic.009G102100 DUF538 domain containing protein, putative, expressed -
6 Sobic.008G181400 Fatty acid hydroxylase 1 FAH1 (Os)(PubMedID : 27208977)@fatty acid hydroxylase, putative, expressed -
7 Sobic.003G108000 expressed protein -
8 Sobic.002G033000 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
9 Sobic.002G314800 monocopper oxidase, putative, expressed -
10 Sobic.002G317600 endoribonuclease, putative, expressed -
11 Sobic.003G094600 glycosyltransferase protein, putative, expressed -
12 Sobic.010G037600 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
13 Sobic.004G296800 3-isopropylmalate dehydratase small subunit 2, putative, expressed K01704: leuD, 3-isopropylmalate/(R)-2-methylmalate dehydratase small subunit
14 Sobic.006G038850 - -
15 Sobic.009G231100 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase, putative, expressed K00979: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase (CMP-KDO synthetase)
16 Sobic.003G098600 expressed protein -
17 Sobic.006G084500 expressed protein -
18 Sobic.008G133200 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
19 Sobic.004G328900 expressed protein -
20 Sobic.003G149000 Sugar transporter(PubMedID : 27330561)@Sugar transporter(PubMedID : 27330561)@nodulin MtN3 family protein, putative, expressed K15382: SLC50A, solute carrier family 50 (sugar transporter)


Gene co-expression network
sample Sobic004G047400 Sobic004G047400 Sobic008G075200 Sobic008G075200 Sobic004G047400--Sobic008G075200 Sobic004G263000 Sobic004G263000 Sobic004G047400--Sobic004G263000 Sobic004G319800 Sobic004G319800 Sobic004G047400--Sobic004G319800 Sobic008G066700 Sobic008G066700 Sobic004G047400--Sobic008G066700 Sobic009G102100 Sobic009G102100 Sobic004G047400--Sobic009G102100 Sobic008G181400 Sobic008G181400 Sobic004G047400--Sobic008G181400 Sobic003G108000 Sobic003G108000 Sobic004G047400--Sobic003G108000 Sobic002G033000 Sobic002G033000 Sobic004G047400--Sobic002G033000 Sobic002G314800 Sobic002G314800 Sobic004G047400--Sobic002G314800 Sobic008G075200--Sobic004G319800 Sobic008G075200--Sobic004G047400 Sobic002G317600 Sobic002G317600 Sobic008G075200--Sobic002G317600 Sobic008G075200--Sobic008G181400 Sobic003G223100 Sobic003G223100 Sobic008G075200--Sobic003G223100 Sobic009G151100 Sobic009G151100 Sobic008G075200--Sobic009G151100 Sobic009G231100 Sobic009G231100 Sobic008G075200--Sobic009G231100 Sobic009G002900 Sobic009G002900 Sobic008G075200--Sobic009G002900 Sobic004G253500 Sobic004G253500 Sobic008G075200--Sobic004G253500 Sobic001G127700 Sobic001G127700 Sobic004G263000--Sobic001G127700 Sobic004G060700 Sobic004G060700 Sobic004G263000--Sobic004G060700 Sobic007G009600 Sobic007G009600 Sobic004G263000--Sobic007G009600 Sobic007G170800 Sobic007G170800 Sobic004G263000--Sobic007G170800 Sobic008G123600 Sobic008G123600 Sobic004G263000--Sobic008G123600 Sobic006G172700 Sobic006G172700 Sobic004G263000--Sobic006G172700 Sobic001G003600 Sobic001G003600 Sobic004G263000--Sobic001G003600 Sobic002G329500 Sobic002G329500 Sobic004G263000--Sobic002G329500 Sobic009G115050 Sobic009G115050 Sobic004G263000--Sobic009G115050 Sobic004G319800--Sobic008G181400 Sobic004G319800--Sobic008G075200 Sobic007G166600 Sobic007G166600 Sobic004G319800--Sobic007G166600 Sobic004G319800--Sobic009G002900 Sobic001G379100 Sobic001G379100 Sobic004G319800--Sobic001G379100 Sobic004G319800--Sobic002G317600 Sobic006G084500 Sobic006G084500 Sobic004G319800--Sobic006G084500 Sobic007G026200 Sobic007G026200 Sobic004G319800--Sobic007G026200 Sobic003G333700 Sobic003G333700 Sobic004G319800--Sobic003G333700 Sobic008G066700--Sobic002G033000 Sobic008G066700--Sobic004G263000 Sobic001G519400 Sobic001G519400 Sobic008G066700--Sobic001G519400 Sobic010G037600 Sobic010G037600 Sobic008G066700--Sobic010G037600 Sobic008G066700--Sobic008G123600 Sobic008G066700--Sobic002G329500 Sobic001G357200 Sobic001G357200 Sobic008G066700--Sobic001G357200 Sobic008G066700--Sobic004G060700 Sobic008G066700--Sobic002G314800 Sobic005G047000 Sobic005G047000 Sobic009G102100--Sobic005G047000 Sobic009G188300 Sobic009G188300 Sobic009G102100--Sobic009G188300 Sobic006G013900 Sobic006G013900 Sobic009G102100--Sobic006G013900 Sobic009G115100 Sobic009G115100 Sobic009G102100--Sobic009G115100 Sobic004G137900 Sobic004G137900 Sobic009G102100--Sobic004G137900 Sobic009G102100--Sobic002G317600 Sobic004G010700 Sobic004G010700 Sobic009G102100--Sobic004G010700 Sobic004G015300 Sobic004G015300 Sobic009G102100--Sobic004G015300 Sobic009G258600 Sobic009G258600 Sobic009G102100--Sobic009G258600 Sobic008G181400--Sobic004G319800 Sobic008G181400--Sobic008G075200 Sobic008G181400--Sobic009G002900 Sobic008G181400--Sobic008G066700 Sobic008G181400--Sobic002G317600 Sobic009G055900 Sobic009G055900 Sobic008G181400--Sobic009G055900 Sobic008G181400--Sobic003G223100 Sobic003G261200 Sobic003G261200 Sobic008G181400--Sobic003G261200 Sobic008G143600 Sobic008G143600 Sobic008G181400--Sobic008G143600 Sobic009G151000 Sobic009G151000 Sobic003G108000--Sobic009G151000 Sobic010G196400 Sobic010G196400 Sobic003G108000--Sobic010G196400 Sobic009G119400 Sobic009G119400 Sobic003G108000--Sobic009G119400 Sobic001G275600 Sobic001G275600 Sobic003G108000--Sobic001G275600 Sobic008G163000 Sobic008G163000 Sobic003G108000--Sobic008G163000 Sobic004G168700 Sobic004G168700 Sobic003G108000--Sobic004G168700 Sobic006G001000 Sobic006G001000 Sobic003G108000--Sobic006G001000 Sobic001G307300 Sobic001G307300 Sobic003G108000--Sobic001G307300 Sobic003G085200 Sobic003G085200 Sobic003G108000--Sobic003G085200 Sobic002G033000--Sobic008G123600 Sobic002G033000--Sobic002G329500 Sobic001G435600 Sobic001G435600 Sobic002G033000--Sobic001G435600 Sobic007G185100 Sobic007G185100 Sobic002G033000--Sobic007G185100 Sobic003G383600 Sobic003G383600 Sobic002G033000--Sobic003G383600 Sobic009G215600 Sobic009G215600 Sobic002G033000--Sobic009G215600 Sobic002G415300 Sobic002G415300 Sobic002G033000--Sobic002G415300 Sobic002G415400 Sobic002G415400 Sobic002G033000--Sobic002G415400 Sobic004G076000 Sobic004G076000 Sobic002G033000--Sobic004G076000 Sobic010G078300 Sobic010G078300 Sobic002G314800--Sobic010G078300 Sobic001G099300 Sobic001G099300 Sobic002G314800--Sobic001G099300 Sobic010G022000 Sobic010G022000 Sobic002G314800--Sobic010G022000 Sobic002G314800--Sobic008G066700 Sobic007G000700 Sobic007G000700 Sobic002G314800--Sobic007G000700 Sobic010G228100 Sobic010G228100 Sobic002G314800--Sobic010G228100 Sobic008G133200 Sobic008G133200 Sobic002G314800--Sobic008G133200 Sobic006G219200 Sobic006G219200 Sobic002G314800--Sobic006G219200 Sobic002G314800--Sobic009G151100
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.