Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G274800.1
Synonym Sb04g031190
Functional annotation protein transport protein-related, putative, expressed
UniProt C5Y0R4
Pfam -
Panther DB PTHR23160 PTHR23160:SF6
NCBI CDD KOG0978; E3 ubiquitin ligase involved in syntaxin degradation
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G16730 : Plant protein of unknown function (DUF827)
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g24270.1 : retrotransposon protein, putative, unclassified, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a056891
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.004G274800


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G437500 plant protein of unknown function DUF869 domain containing protein, expressed -
2 Sobic.006G081000 protein kinase domain containing protein, expressed K04730: interleukin-1 receptor-associated kinase 1
3 Sobic.007G139500 phosphofructokinase, putative, expressed K00850: pfkA, 6-phosphofructokinase 1
4 Sobic.001G196000 kinesin motor domain containing protein, putative, expressed K11498: centromeric protein E
5 Sobic.009G206500 respiratory burst oxidase, putative, expressed K13447: respiratory burst oxidase
6 Sobic.003G161500 respiratory burst oxidase, putative, expressed K13447: respiratory burst oxidase
7 Sobic.009G026101 - -
8 Sobic.007G040301 - -
9 Sobic.003G135400 tubulin/FtsZ domain containing protein, putative, expressed K07375: tubulin beta
10 Sobic.003G410600 exostosin family domain containing protein, expressed -
11 Sobic.002G276600 endoglucanase, putative, expressed -
12 Sobic.004G243800 HEAT repeat family protein, putative, expressed -
13 Sobic.006G083700 expressed protein -
14 Sobic.002G216000 Up-reguralion under drought(PubMedID : 24916767)@OsSub57 - Putative Subtilisin homologue, expressed -
15 Sobic.002G347900 GDP-fucose protein-O-fucosyltransferase 2, putative, expressed K03691: peptide-O-fucosyltransferase
16 Sobic.002G275500 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@MYB family transcription factor, putative, expressed K09422: transcription factor MYB, plant
17 Sobic.006G267500 katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog 1, putative, expressed K18643: katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
18 Sobic.003G017500 TTL1, putative, expressed -
19 Sobic.010G090500 expressed protein -
20 Sobic.001G159800 KIP1, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G274800 Sobic004G274800 Sobic001G437500 Sobic001G437500 Sobic004G274800--Sobic001G437500 Sobic006G081000 Sobic006G081000 Sobic004G274800--Sobic006G081000 Sobic007G139500 Sobic007G139500 Sobic004G274800--Sobic007G139500 Sobic001G196000 Sobic001G196000 Sobic004G274800--Sobic001G196000 Sobic009G206500 Sobic009G206500 Sobic004G274800--Sobic009G206500 Sobic003G161500 Sobic003G161500 Sobic004G274800--Sobic003G161500 Sobic009G026101 Sobic009G026101 Sobic004G274800--Sobic009G026101 Sobic007G040301 Sobic007G040301 Sobic004G274800--Sobic007G040301 Sobic003G135400 Sobic003G135400 Sobic004G274800--Sobic003G135400 Sobic001G437500--Sobic001G196000 Sobic004G243800 Sobic004G243800 Sobic001G437500--Sobic004G243800 Sobic001G437500--Sobic004G274800 Sobic001G437500--Sobic009G206500 Sobic001G437500--Sobic007G139500 Sobic001G159800 Sobic001G159800 Sobic001G437500--Sobic001G159800 Sobic009G061000 Sobic009G061000 Sobic001G437500--Sobic009G061000 Sobic006G267500 Sobic006G267500 Sobic001G437500--Sobic006G267500 Sobic002G276600 Sobic002G276600 Sobic001G437500--Sobic002G276600 Sobic006G081000--Sobic004G274800 Sobic006G081000--Sobic001G437500 Sobic006G081000--Sobic001G196000 Sobic007G000700 Sobic007G000700 Sobic006G081000--Sobic007G000700 Sobic006G081000--Sobic004G243800 Sobic002G347900 Sobic002G347900 Sobic006G081000--Sobic002G347900 Sobic006G081000--Sobic007G139500 Sobic003G401800 Sobic003G401800 Sobic006G081000--Sobic003G401800 Sobic006G081000--Sobic002G276600 Sobic007G139500--Sobic001G196000 Sobic001G051300 Sobic001G051300 Sobic007G139500--Sobic001G051300 Sobic007G139500--Sobic009G206500 Sobic007G139500--Sobic001G437500 Sobic003G179500 Sobic003G179500 Sobic007G139500--Sobic003G179500 Sobic001G103000 Sobic001G103000 Sobic007G139500--Sobic001G103000 Sobic003G017500 Sobic003G017500 Sobic007G139500--Sobic003G017500 Sobic002G191000 Sobic002G191000 Sobic007G139500--Sobic002G191000 Sobic009G214100 Sobic009G214100 Sobic007G139500--Sobic009G214100 Sobic001G196000--Sobic001G437500 Sobic001G196000--Sobic007G139500 Sobic001G196000--Sobic004G243800 Sobic001G196000--Sobic009G206500 Sobic001G196000--Sobic004G274800 Sobic001G196000--Sobic006G081000 Sobic007G173000 Sobic007G173000 Sobic001G196000--Sobic007G173000 Sobic008G174966 Sobic008G174966 Sobic001G196000--Sobic008G174966 Sobic001G196000--Sobic001G159800 Sobic009G206500--Sobic007G139500 Sobic010G067800 Sobic010G067800 Sobic009G206500--Sobic010G067800 Sobic009G206500--Sobic006G267500 Sobic009G206500--Sobic001G437500 Sobic001G144200 Sobic001G144200 Sobic009G206500--Sobic001G144200 Sobic009G206500--Sobic007G040301 Sobic002G275500 Sobic002G275500 Sobic009G206500--Sobic002G275500 Sobic009G206500--Sobic009G026101 Sobic001G183600 Sobic001G183600 Sobic009G206500--Sobic001G183600 Sobic003G161500--Sobic004G274800 Sobic003G161500--Sobic009G206500 Sobic006G281400 Sobic006G281400 Sobic003G161500--Sobic006G281400 Sobic002G318300 Sobic002G318300 Sobic003G161500--Sobic002G318300 Sobic003G052100 Sobic003G052100 Sobic003G161500--Sobic003G052100 Sobic008G032800 Sobic008G032800 Sobic003G161500--Sobic008G032800 Sobic003G161500--Sobic007G139500 Sobic006G109500 Sobic006G109500 Sobic003G161500--Sobic006G109500 Sobic003G369200 Sobic003G369200 Sobic003G161500--Sobic003G369200 Sobic001G133900 Sobic001G133900 Sobic009G026101--Sobic001G133900 Sobic009G063400 Sobic009G063400 Sobic009G026101--Sobic009G063400 Sobic009G125900 Sobic009G125900 Sobic009G026101--Sobic009G125900 Sobic009G246700 Sobic009G246700 Sobic009G026101--Sobic009G246700 Sobic009G026101--Sobic009G206500 Sobic002G075500 Sobic002G075500 Sobic009G026101--Sobic002G075500 Sobic006G075000 Sobic006G075000 Sobic009G026101--Sobic006G075000 Sobic003G254700 Sobic003G254700 Sobic009G026101--Sobic003G254700 Sobic010G096100 Sobic010G096100 Sobic009G026101--Sobic010G096100 Sobic007G040301--Sobic009G206500 Sobic007G040301--Sobic001G437500 Sobic007G040301--Sobic009G026101 Sobic007G040301--Sobic001G144200 Sobic001G406700 Sobic001G406700 Sobic007G040301--Sobic001G406700 Sobic008G141200 Sobic008G141200 Sobic007G040301--Sobic008G141200 Sobic007G040301--Sobic004G274800 Sobic009G151700 Sobic009G151700 Sobic007G040301--Sobic009G151700 Sobic007G040301--Sobic006G267500 Sobic003G410600 Sobic003G410600 Sobic003G135400--Sobic003G410600 Sobic001G078600 Sobic001G078600 Sobic003G135400--Sobic001G078600 Sobic003G294500 Sobic003G294500 Sobic003G135400--Sobic003G294500 Sobic004G197400 Sobic004G197400 Sobic003G135400--Sobic004G197400 Sobic003G135400--Sobic008G141200 Sobic005G144600 Sobic005G144600 Sobic003G135400--Sobic005G144600 Sobic007G219400 Sobic007G219400 Sobic003G135400--Sobic007G219400 Sobic003G135400--Sobic001G103000 Sobic005G047100 Sobic005G047100 Sobic003G135400--Sobic005G047100
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.