Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G381750.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1W0W7C1
Pfam PF03931 PF01466
Panther DB PTHR11165 PTHR11165:SF59
NCBI CDD KOG1724; SCF ubiquitin ligase, Skp1 component
KEGG Orthology K03094; SKP1, S-phase kinase-associated protein 1
Gene Ontology GO:0006511; ubiquitin-dependent protein catabolic process


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G34210 : SKP1-like 11
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g05160.1 : SKP1-like protein 1B, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley HORVU3Hr1G074970.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G011400 ASH-like SPRY domain containing protein, putative, expressed K14964: Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
2 Sobic.003G027700 xylosyltransferase, putative, expressed -
3 Sobic.001G259300 tran- scriptional repressor JASMONATE ZIM-DOMAIN(PubMedID : 25711704)@zinc-finger protein, putative, expressed -
4 Sobic.003G323000 - -
5 Sobic.001G530400 expressed protein -
6 Sobic.003G342000 bet v I allergen family protein, putative, expressed K14496: abscisic acid receptor PYR/PYL family
7 Sobic.009G061800 BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1 precursor, putative, expressed -
8 Sobic.002G291132 - -
9 Sobic.008G013100 expressed protein -
10 Sobic.001G166500 gibberellin 20 oxidase 2, putative, expressed -
11 Sobic.006G036201 - -
12 Sobic.009G051301 - -
13 Sobic.001G203100 expressed protein -
14 Sobic.003G350900 homeobox domain containing protein, expressed -
15 Sobic.006G059900 "ZmIPT2(Ortholog in maize:Weng et al., 2013)"(PubMedID : 31659896)@IPP transferase, putative, expressed K10760: adenylate dimethylallyltransferase (cytokinin synthase)
16 Sobic.004G254400 tentative name(PubMedID : 31536532)@histone-like transcription factor and archaeal histone, putative, expressed -
17 Sobic.001G053700 PAZ domain containing protein, putative, expressed K11593: ELF2C, eukaryotic translation initiation factor 2C
18 Sobic.009G022700 - -
19 Sobic.004G037300 cycloartenol synthase, putative, expressed -
20 Sobic.007G082900 - -


Gene co-expression network
sample Sobic002G381750 Sobic002G381750 Sobic008G011400 Sobic008G011400 Sobic002G381750--Sobic008G011400 Sobic003G027700 Sobic003G027700 Sobic002G381750--Sobic003G027700 Sobic001G259300 Sobic001G259300 Sobic002G381750--Sobic001G259300 Sobic003G323000 Sobic003G323000 Sobic002G381750--Sobic003G323000 Sobic001G530400 Sobic001G530400 Sobic002G381750--Sobic001G530400 Sobic003G342000 Sobic003G342000 Sobic002G381750--Sobic003G342000 Sobic009G061800 Sobic009G061800 Sobic002G381750--Sobic009G061800 Sobic002G291132 Sobic002G291132 Sobic002G381750--Sobic002G291132 Sobic008G013100 Sobic008G013100 Sobic002G381750--Sobic008G013100 Sobic008G011400--Sobic002G381750 Sobic010G022600 Sobic010G022600 Sobic008G011400--Sobic010G022600 Sobic006G036201 Sobic006G036201 Sobic008G011400--Sobic006G036201 Sobic008G011400--Sobic001G259300 Sobic005G074900 Sobic005G074900 Sobic008G011400--Sobic005G074900 Sobic009G086800 Sobic009G086800 Sobic008G011400--Sobic009G086800 Sobic008G011400--Sobic002G291132 Sobic009G051301 Sobic009G051301 Sobic008G011400--Sobic009G051301 Sobic008G011400--Sobic003G323000 Sobic003G027700--Sobic002G381750 Sobic003G027700--Sobic003G342000 Sobic009G082100 Sobic009G082100 Sobic003G027700--Sobic009G082100 Sobic002G016250 Sobic002G016250 Sobic003G027700--Sobic002G016250 Sobic005G165632 Sobic005G165632 Sobic003G027700--Sobic005G165632 Sobic008G064250 Sobic008G064250 Sobic003G027700--Sobic008G064250 Sobic009G218100 Sobic009G218100 Sobic003G027700--Sobic009G218100 Sobic005G083160 Sobic005G083160 Sobic003G027700--Sobic005G083160 Sobic003G389400 Sobic003G389400 Sobic003G027700--Sobic003G389400 Sobic001G259300--Sobic003G323000 Sobic003G350900 Sobic003G350900 Sobic001G259300--Sobic003G350900 Sobic005G188000 Sobic005G188000 Sobic001G259300--Sobic005G188000 Sobic001G259300--Sobic009G061800 Sobic001G259300--Sobic008G013100 Sobic003G105600 Sobic003G105600 Sobic001G259300--Sobic003G105600 Sobic009G022700 Sobic009G022700 Sobic001G259300--Sobic009G022700 Sobic009G186400 Sobic009G186400 Sobic001G259300--Sobic009G186400 Sobic008G064000 Sobic008G064000 Sobic001G259300--Sobic008G064000 Sobic003G323000--Sobic001G259300 Sobic003G323000--Sobic008G013100 Sobic003G323000--Sobic003G105600 Sobic003G323000--Sobic003G350900 Sobic003G323000--Sobic005G188000 Sobic003G323000--Sobic009G022700 Sobic003G323000--Sobic009G186400 Sobic003G323000--Sobic008G064000 Sobic006G059900 Sobic006G059900 Sobic003G323000--Sobic006G059900 Sobic001G530400--Sobic002G291132 Sobic001G530400--Sobic006G036201 Sobic001G530400--Sobic009G061800 Sobic002G211501 Sobic002G211501 Sobic001G530400--Sobic002G211501 Sobic004G090300 Sobic004G090300 Sobic001G530400--Sobic004G090300 Sobic001G530400--Sobic005G074900 Sobic001G530400--Sobic009G086800 Sobic001G234000 Sobic001G234000 Sobic001G530400--Sobic001G234000 Sobic001G530400--Sobic009G051301 Sobic003G342000--Sobic002G016250 Sobic003G342000--Sobic003G389400 Sobic009G231500 Sobic009G231500 Sobic003G342000--Sobic009G231500 Sobic003G342000--Sobic008G064250 Sobic002G274900 Sobic002G274900 Sobic003G342000--Sobic002G274900 Sobic001G203100 Sobic001G203100 Sobic003G342000--Sobic001G203100 Sobic007G036600 Sobic007G036600 Sobic003G342000--Sobic007G036600 Sobic003G226000 Sobic003G226000 Sobic003G342000--Sobic003G226000 Sobic006G154300 Sobic006G154300 Sobic003G342000--Sobic006G154300 Sobic009G061800--Sobic003G350900 Sobic009G061800--Sobic005G188000 Sobic009G061800--Sobic001G259300 Sobic009G061800--Sobic009G086800 Sobic009G061800--Sobic002G291132 Sobic009G061800--Sobic003G323000 Sobic002G088000 Sobic002G088000 Sobic009G061800--Sobic002G088000 Sobic004G116200 Sobic004G116200 Sobic009G061800--Sobic004G116200 Sobic009G061800--Sobic009G022700 Sobic002G291132--Sobic002G211501 Sobic002G291132--Sobic009G061800 Sobic002G291132--Sobic009G086800 Sobic002G291132--Sobic001G530400 Sobic002G291132--Sobic001G259300 Sobic002G291132--Sobic006G036201 Sobic010G216800 Sobic010G216800 Sobic002G291132--Sobic010G216800 Sobic002G291132--Sobic003G350900 Sobic002G291132--Sobic005G188000 Sobic008G013100--Sobic003G105600 Sobic008G013100--Sobic006G059900 Sobic008G013100--Sobic009G022700 Sobic001G326000 Sobic001G326000 Sobic008G013100--Sobic001G326000 Sobic003G438700 Sobic003G438700 Sobic008G013100--Sobic003G438700 Sobic008G013100--Sobic009G186400 Sobic008G013100--Sobic003G323000 Sobic004G313800 Sobic004G313800 Sobic008G013100--Sobic004G313800 Sobic005G187100 Sobic005G187100 Sobic008G013100--Sobic005G187100
Octagon: transcription factors


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