Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G023400.2,Sobic.003G023400.1,Sobic.003G023400.3,Sobic.003G023400.4
Synonym WAVE2, Sb03g002220, ATSCAR3, SCAR3
Functional annotation SCAR-like protein 2, putative, expressed
UniProt A0A1B6Q0Z7 , A0A1B6Q0X4 , A0A1B6Q0Z0 , A0A1B6Q120
Pfam -
Panther DB PTHR12902
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005856; cytoskeleton


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G29170 : SCAR family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g11040.1 : SCAR-like protein 2, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a035883
Brachypodium KQK03253 , KQK03252
Barley HORVU3Hr1G029210.11 , HORVU3Hr1G029210.10 , HORVU3Hr1G029210.13 , HORVU3Hr1G029210.12 , HORVU3Hr1G029210.9 , HORVU3Hr1G029210.8 , HORVU3Hr1G029210.5 , HORVU3Hr1G029210.4 , HORVU3Hr1G029210.7 , HORVU3Hr1G029210.6 , HORVU3Hr1G029210.1 , HORVU3Hr1G029210.3 , HORVU3Hr1G029210.2
Wheat TraesCS3B02G168100 , TraesCS3B02G168100 , TraesCS3B02G168100 , TraesCS3A02G134300 , TraesCS3A02G134300 , TraesCS3A02G134300 , TraesCS3D02G150600 , TraesCS3D02G150600 , TraesCS3D02G150600 , TraesCS3D02G150600
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G023400


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G193800 hydrolase, alpha/beta fold family domain containing protein, expressed K14759: isochorismate synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / O-succinylbenzoate synthase
2 Sobic.002G049000 frigida, putative, expressed -
3 Sobic.006G210200 zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed -
4 Sobic.003G185250 - -
5 Sobic.002G090400 polygalacturonase, putative, expressed -
6 Sobic.008G068800 cytokinin inducible protein, putative, expressed -
7 Sobic.001G367100 pleckstrin homology domain-containing protein, putative, expressed -
8 Sobic.001G094000 expressed protein -
9 Sobic.003G163100 expressed protein K08819: cyclin-dependent kinase 12/13
10 Sobic.002G177400 expressed protein -
11 Sobic.002G157200 expressed protein -
12 Sobic.001G303675 - -
13 Sobic.001G393401 - -
14 Sobic.002G233900 AGAP005770-PA, putative, expressed -
15 Sobic.009G100050 - -
16 Sobic.001G045700 "CESA3-like homologous to the Arabidopsis, up-regulated in addition of GA3"(PubMedID : 26198258)@CESA2 - cellulose synthase, expressed K10999: cellulose synthase A
17 Sobic.004G169501 - -
18 Sobic.004G030700 expressed protein -
19 Sobic.007G116400 - -
20 Sobic.002G060450 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G023400 Sobic003G023400 Sobic004G193800 Sobic004G193800 Sobic003G023400--Sobic004G193800 Sobic002G049000 Sobic002G049000 Sobic003G023400--Sobic002G049000 Sobic006G210200 Sobic006G210200 Sobic003G023400--Sobic006G210200 Sobic003G185250 Sobic003G185250 Sobic003G023400--Sobic003G185250 Sobic002G090400 Sobic002G090400 Sobic003G023400--Sobic002G090400 Sobic008G068800 Sobic008G068800 Sobic003G023400--Sobic008G068800 Sobic001G367100 Sobic001G367100 Sobic003G023400--Sobic001G367100 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic003G023400--Sobic001G094000 Sobic003G163100 Sobic003G163100 Sobic003G023400--Sobic003G163100 Sobic004G193800--Sobic003G185250 Sobic004G016500 Sobic004G016500 Sobic004G193800--Sobic004G016500 Sobic003G424100 Sobic003G424100 Sobic004G193800--Sobic003G424100 Sobic004G193800--Sobic008G068800 Sobic007G099500 Sobic007G099500 Sobic004G193800--Sobic007G099500 Sobic004G193800--Sobic003G023400 Sobic004G240900 Sobic004G240900 Sobic004G193800--Sobic004G240900 Sobic010G208500 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Octagon: transcription factors


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